Bom, um tutorialzinho bem simples com um dos métodos pra sincronizar legendas.
Não é o único e nem é perfeito ou infalível, mas vai resolver a sincronização em mais de 70% dos casos.
Lembrando que muitos recursos do Subtitle Workshop eu não vou nem mencionar. A intenção desse tutorial é ser o mais simples possível para que qualquer pessoa consiga (ou pelo menos tente) sincronizar uma legenda com ele.
Em primeiro lugar, você vai precisar do programa Subtitle Workshop. Você pode baixá-lo no Baixaki ou no Superdownloads, tanto faz.
Instale o programa e abra ele. Vai abrir uma janela parecida com a aí de baixo (clique na imagem se quiser ampliá-la). Clique em File e depois Load subtitle, e aponte o caminho da legenda que você quer sincronizar.
Lembre-se que o filme e a legenda devem estar na mesma pasta e com o mesmo nome (ex: filme_dvdrip.avi e filme_dvdrip.srt), para que o vídeo também seja carregado ao abrir a legenda no Subtitle Workshop.
Como você vê na tela acima, a parte superior mostra o vídeo e na inferior, as linhas da legenda. Você pode usar os botões de play e stop para iniciar e parar o vídeo, etc.
Agora começamos a parte de sincronização. Em primeiro lugar, você tem que ter na cabeça que este método leva em consideração o áudio, mais precisamente a primeira linha falada e a última linha falada.
Portanto, qualquer linha que não seja um diálogo do filme, precisará ser desconsiderada (deletada).
Na imagem abaixo, vemos que, na última linha, tem os créditos do tradutor. Portanto, nesse caso, você deve clicar sobre a linha e precionar o botão de delete.
A mesma coisa se tiverem créditos nas primeiras linhas - e mesmo que sejam várias linhas com créditos de tradução/sincronia/etc - todas elas deverão ser deletadas até que restem somente as linhas que representam diálogos.

Feito isso, você precisa determinar, com a maior precisão possível, o tempo exato em que ocorre a primeira fala do filme e a última fala do filme. Na verdade, você pode fazer isso em qualquer player, mas o recomendável é usar o player do Subtitle Workshop, se for possível (as vezes dá pau, mas tentem nele primeiro).
Na imagem abaixo, a parte em destaque são os tempos que você precisa observar: em baixo é a duração total do filme, e em cima, onde no caso está zerado, é o tempo que você precisa observar e anotar (pode ser no bloco de notas, ou até num papel) o ponto onde ocorre a primeira e a última fala do filme (ou seja, você vai precisar rolar o filme até achar o primeiro e o último diálogo - vai acabar vendo alguma coisa do final, não tem jeito). Essa anotação será utilizada na sincronização, depois - e lembre-se que deve ser tão precisa quanto for possível.

Depois de ter os tempos de primeira e última fala anotados, chega a hora da sincronização propriamente dita.
Siga o caminho da imagem abaixo: Edit - Timmings - Adjust - Adjust subtitles.
Ao clicar em Adjust subtitles, vai abrir a seguinte janela:
E agora você já deve saber o que fazer.
Escreva os tempos da primeira (em First spoken line) e da última fala (em Last spoken line), que você já tem anotados, clique no botão Adjust! e está feito.
Salve a legenda e teste o o arquivo pra ver se ficou bem sincronizado.
Se você achar que pode ficar ainda melhor, basta voltar até esta última tela e adiantrar e/ou atrasar a primeira e/ou última linha, pra ver se fica um pouco melhor.